Alors qu'ils sont en route pour l'aéroport à la fin de leur séjour au Mali, une famille espagnole est poursuivie par des membres d'un groupe salafiste. Les deux enfants, Alejandra et Mario, sont kidnappés devant les yeux de leur père. L'unité d'élite appelée « Les Bérets verts », menée par le capitaine Alberto Sánchez, est alors envoyée par le gouvernement espagnol afin de les libérer. Les parents s'y opposent fermement mais se voient dans l'obligation de suivre le protocole en cas d'enlèvement dans ce pays. La mission, bien que périlleuse, est alors lancée à travers le désert du Sahel afin de libérer les deux otages… Les Forces des Opérations Spéciales disposent pour cela de 72 heures.
Les otages du désert a été diffusé sur M6 le mercredi 26 août 2015, 20H55.