Danny est agressé à la sortie du Rattigans ou il avait bu un verre avec Cates, Foley et Lauren Cooper, trois des jeunes collègues qu'il forme. Quand il reprend ses esprit, un des trois agresseurs, Pete Miller, git mort, tué par Cooper avec l'arme personnelle de Danny. Ils affirment que la victime a sorti une arme, qui a disparu, emportée par ses deux comparses. La chemise de Pete porte des résidus de tir, ce qui semble confirmer la version de Cooper. Le lieutenant Adler des affaires Internes enquête avec un zèle inquiétant sur cette fusillade. Danny et Mac craignent que les politiques exploitent l'affaire. Sid retrouve de l'absinthe dans le corps de Pete, qui pourrait expliquer un geste de folie. Jo et Sheldon retrouvent la balle que Pete a tirée. Le meurtre gratuit d'un camelot est commis avec la même arme, et on retrouve sur lui une fibre analogue à une autre trouvée sur le corps de Pete. L'assassin est un des deux comparses de Pete, Travis. Les fibres, des plumes de coq rares, mettent sur la piste de Crystal, une danseuse, son ex petite amie. Mac prouve à l'aide des résidus de tir que Cooper a menti. Elle a tué Pete par erreur. C'est Travis qui avait tiré. Elle accuse Danny de lui avoir demandé de mentir, ce qu'Adler est tout disposé à croire, convaincu qu'elle est sa maîtresse. On retrouve le troisième comparse, Ray, blessé par Travis. Il semble que Travis soit en totale perdition depuis que Crystal l'a quitté. Flack et Mac l'arrêtent( alors qu'il s'apprêtait à tuer Crystal. Cooper finit par avouer qu'elle a menti en incriminant Danny. Blanchi et déçu, Danny décide d'abandonner ses nouvelles fonctions récentes et de rentrer au bercail avec les autres Experts.
Les experts : Manhattan a été diffusé sur TF1 le vendredi 2 septembre 2016, 11h43.